Ao longo de sua trajetória o Museu Paranaense, teve diversas estruturas organizacionais. O Núcleo de História, em sua origem, recebia a nomenclatura de “Seção de História da Pátria", destinando-se a atividades de pesquisa e constituição de acervo orientado por conceitos da História Política e Econômica, neste período a construção do acervo colaborou ativamente na construção de uma narrativa sobre a identidade paranaense.

A partir da década de 1980, o então chamado, Departamento de História ganhou os contornos atuais, debruçando-se no âmbito da investigação e curadoria científica, atendimento ao público, assessoria técnica, divulgação de acervo e parcerias com instituições públicas e privadas.

O acervo histórico é composto por aproximadamente 60.000 itens, referentes a distintas tipologias: artes visuais, pecuniários, fotografia, documentação impressa e manuscrita, objetos de trabalho, domésticos, religiosos, cartografia, vestuário, armaria, comunicação e transporte. O destaque do acervo fica por conta da  Coleção David Carneiro e o Acervo Geral do Museu Paranaense, ambos tombados pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional - IPHAN.

Um olhar atento sobre o acervo histórico do Museu Paranaense permite experiências com o passado, sendo possível criar narrativas múltiplas sobre os agentes históricos e instituições paranaenses, colaborando na construção de uma função social da História: a formação cidadã, manifestada no exercício dialético entre memória e esquecimento, aprendizagem e tomada de consciência histórica.

As pesquisas executadas pelo Núcleo de História têm a História Social e Cultural como base, enfocando a agência dos sujeitos históricos, suas relações com o individual e coletivo, público e privado, em constante diálogo crítico entre o passado verossímil e o presente tangível.